Pakiet: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7 i inne) [debports]
Odnośniki dla lumpy-sv
Zasoby systemu Debian:
Pobieranie pakietu źródłowego :
Nie znalezionoOpiekunowie:
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [github.com]
Podobne pakiety:
Ogólna platforma probabilistyczna do odkrywania wariantów strukturalnych
LUMPY, nowatorska platforma odkrywania SV, która w naturalny sposób integruje wiele sygnałów SV łącznie dla wielu próbek. LUMPY zapewnia lepszą czułość, zwłaszcza gdy sygnał SV jest zmniejszony z powodu albo niskiego pokrycia danych, albo niskiej częstotliwości wariantów alleli wewnątrz próbki.
Inne pakiety związane z lumpy-sv
|
|
|
|
-
- dep: bamkit
- Narzędzia do wykonywania typowych czynności z plikami BAM
-
- dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)
- dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- Biblioteka wspomagająca GCC
-
- dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)
- provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream
-
- dep: libhts3t64 (>= 1.17)
- C library for high-throughput sequencing data formats
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
-
- dep: python3
- Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
-
- dep: python3-numpy
- Fast array facility to the Python language (Python 3)
-
- dep: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
-
- dep: samblaster
- marks duplicates, extracts discordant/split reads
-
- dep: samtools
- Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM
-
- rec: sambamba
- tools for working with SAM/BAM data
Pobieranie lumpy-sv
| Architektura | Wersja | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
|---|---|---|---|---|
| x32 (port nieoficjalny) | 0.3.1+dfsg-7+b1 | 211,4 KiB | 671,0 KiB | [lista plików] |