Pakiet: fastahack (1.0.0+dfsg-11) [debports]
Odnośniki dla fastahack
Zasoby systemu Debian:
Pobieranie pakietu źródłowego :
Nie znalezionoOpiekunowie:
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [github.com]
Podobne pakiety:
Narzędzie do indeksowania i wyodrębniania sekwencji z plików FASTA
Fastahack to mały program do indeksowania oraz wyodrębniania sekwencji i podsekwencji z plików FASTA. Dołączona biblioteka Fasta.cpp dostarcza czytnik i indeksator FASTA, nadający się do osadzania w aplikacjach, które mogą skorzystać na bezpośrednim odczytywaniu podsekwencji z plików FASTA. Biblioteka ta automatycznie obsługuje generowanie i używanie plików indeksowych.
Właściwości:
* generowanie indeksu FASTA (.fai) dla plików FASTA; * ekstrakcja sekwencji; * ekstrakcja podsekwencji; * statystyka sekwencji (obecnie dostępna jest tylko entropia).
Ekstrakcja sekwencji i podsekwencji wykorzystuje fseek64, aby zapewnić najszybszą możliwą ekstrakcję bez operacji ładowania plików intensywnie obciążających pamięć RAM. Z tego powodu fasthack jest użytecznym narzędziem dla bioinformatyków, którzy potrzebują szybko wyodrębnić wiele podsekwencji z referencyjnej sekwencji FASTA.
Inne pakiety związane z fastahack
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
-
- dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)
- library for entropy measurement of byte streams
-
- dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f)
- library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- Biblioteka wspomagająca GCC
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
Pobieranie fastahack
Architektura | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
---|---|---|---|
sparc64 (port nieoficjalny) | 11,5 KiB | 1 045,0 KiB | [lista plików] |