[ Pakiet źródłowy: debian-med ]
Pakiet: med-cloud (3.8.1)
Odnośniki dla med-cloud
Zasoby systemu Debian:
- Raporty o błędach
- Developer Information
- Dziennik zmian w systemie Debian
- Informacje nt. praw autorskich
Pobieranie pakietu źródłowego debian-med:
Opiekunowie:
Podobne pakiety:
Aplikacje bioinformatyczne Debian Med, znajdujące zastosowanie w chmurze obliczeniowej
Ten metapakiet zainstaluje pakiety Debiana związane z biologią molekularną, biologią strukturalną i bioinformatyką, znajdujące zastosowanie w naukach przyrodniczych, które nie są uzależnione od zestawu narzędzi graficznych i dlatego mogą pomieścić się na obrazach systemowych nadających się do użycia w chmurze obliczeniowej klastrów, gdzie dedykowana przestrzeń może być ograniczona.
Inne pakiety związane z med-cloud
|
|
|
|
-
- dep: med-config (= 3.8.1)
- Debian Med general config package
-
- dep: med-tasks (= 3.8.1)
- Debian Med tasks for tasksel
-
- rec: abyss
- Nowy, równoległy, sekwencyjny asembler do krótkich odczytów
-
- rec: acedb-other
- Wyszukiwanie sekwencji DNA lub białek
-
- rec: aevol
- digital genetics model to run Evolution Experiments in silico
-
- rec: alien-hunter
- Interpolated Variable Order Motifs to identify horizontally acquired DNA
-
- rec: altree
- Program do wykonywania analiz dotyczących związku i miejsca na podstawie filogenezy
-
- rec: amap-align
- Wielokrotne wyrównywanie białek poprzez sekwencyjne wyżarzanie
-
- rec: ampliconnoise
- Usuwanie szumu z 454 zsekwencjonowanych amplikonów PCR
-
- rec: aragorn
- tRNA and tmRNA detection in nucleotide sequences
-
- rec: arden
- specificity control for read alignments using an artificial reference
-
- rec: autodock
- analysis of ligand binding to protein structure
-
- rec: autodock-vina
- docking of small molecules to proteins
-
- rec: autogrid
- Wstępnie obliczanie wiązania ligandów z ich receptorem
-
- rec: bamtools
- toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files
-
- rec: bedtools
- suite of utilities for comparing genomic features
-
- rec: bioperl
- Narzędzia do obliczeniowej biologii molekularnej, oparte na Perlu
-
- rec: bioperl-run
- Nakładki na BioPerl: skrypty
-
- rec: biosquid
- Narzędzia do analizowania sekwencji biologicznych
-
- rec: bowtie
- Ultrafast memory-efficient short read aligner
-
- rec: bowtie2
- ultrafast memory-efficient short read aligner
-
- rec: boxshade
- Pretty-printing of multiple sequence alignments
-
- rec: bwa
- Burrows-Wheeler Aligner
-
- rec: cassiopee
- index and search tool in genomic sequences
-
- rec: cd-hit
- Pakiet programów przeznaczonych do szybkiego grupowania sekwencji
-
- rec: cdbfasta
- Constant DataBase indexing and retrieval tools for multi-FASTA files
-
- rec: circos
- Ploter do wizualizacji danych
-
- rec: clearcut
- Niezwykle wydajna rekonstrukcja drzewa filogenetycznego
-
- rec: clonalframe
- inference of bacterial microevolution using multilocus sequence data
-
- rec: clustalo
- General-purpose multiple sequence alignment program for proteins
-
- rec: clustalw
- global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
-
- rec: concavity
- predictor of protein ligand binding sites from structure and conservation
-
- rec: conservation-code
- protein sequence conservation scoring tool
-
- rec: datamash
- Narzędzie statystyczne dla interfejsu wiersza poleceń
-
- rec: dialign
- Dopasowanie wielu sekwencji w oparciu o segmenty
-
- rec: dialign-tx
- Segment-based multiple sequence alignment
-
- rec: discosnp
- discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads
-
- rec: disulfinder
- cysteines disulfide bonding state and connectivity predictor
-
- rec: dnaclust
- tool for clustering millions of short DNA sequences
-
- rec: dssp
- protein secondary structure assignment based on 3D structure
-
- rec: embassy-domainatrix
- Extra EMBOSS commands to handle domain classification file
-
- rec: embassy-domalign
- Dodatkowe polecenia EMBOSS do wyrównywania domeny białek
-
- rec: embassy-domsearch
- Dodatkowe polecenia EMBOSS do wyszukiwania domen białkowych
-
- rec: emboss
- European molecular biology open software suite
-
- rec: exonerate
- generic tool for pairwise sequence comparison
-
- rec: fastdnaml
- Narzędzie do budowania drzew filogenetycznych z sekwencji DNA
-
- rec: fastlink
- faster version of pedigree programs of Linkage
-
- rec: fastqc
- quality control for high throughput sequence data
-
- rec: fasttree
- phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
-
- rec: fitgcp
- fitting genome coverage distributions with mixture models
-
- rec: flexbar
- flexible barcode and adapter removal for sequencing platforms
-
- rec: freecontact
- fast protein contact predictor
-
- rec: gasic
- genome abundance similarity correction
-
- rec: genometools
- Wszechstronny zestaw narzędzi do analizy genomu
-
- rec: gff2aplot
- pair-wise alignment-plots for genomic sequences in PostScript
-
- rec: gff2ps
- Tworzenie grafiki PostScript z plików GFF
-
- rec: glam2
- gapped protein motifs from unaligned sequences
-
- rec: gmap
- Dopasowanie splicingowe i tolerancyjne SNP dla mRNA i krótkich odczytów
-
- rec: grinder
- Versatile omics shotgun and amplicon sequencing read simulator
-
- rec: gromacs
- Molecular dynamics simulator, with building and analysis tools
-
- rec: hhsuite
- sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment
-
- rec: hisat2
- graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
-
- rec: hmmer
- profile hidden Markov models for protein sequence analysis
-
- rec: idba
- iterative De Bruijn Graph short read assemblers
-
- rec: infernal
- Wyrównywanie drugorzędowej struktury RNA
-
- rec: jellyfish
- count k-mers in DNA sequences
-
- rec: kalign
- Globalne i progresywne dopasowywanie wielu sekwencji
-
- rec: kissplice
- Detection of various kinds of polymorphisms in RNA-seq data
-
- rec: last-align
- Porównywanie sekwencji biologicznych w skali genomu
-
- rec: loki
- MCMC linkage analysis on general pedigrees
-
- rec: macs
- Model-based Analysis of ChIP-Seq on short reads sequencers
-
- rec: mafft
- Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
-
- rec: mapsembler2
- bioinformatics targeted assembly software
-
- rec: maq
- maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences
-
- rec: melting
- compute the melting temperature of nucleic acid duplex
-
- rec: minia
- short-read biological sequence assembler
-
- rec: mipe
- Narzędzia do przechowywania danych pochodzących z PCR
-
- rec: mira-assembler
- Whole Genome Shotgun and EST Sequence Assembler
-
- rec: mlv-smile
- Find statistically significant patterns in sequences
-
- rec: mothur
- Zestaw narzędzi analizy sekwencyjnej do badań nad florą bakteryjną
-
- rec: mrbayes
- Bayesian Inference of Phylogeny
-
- rec: mummer
- Efficient sequence alignment of full genomes
-
- rec: muscle
- Multiple alignment program of protein sequences
-
- rec: muscle3
- multiple alignment program of protein sequences
-
- rec: mustang
- Wielokrotne strukturalne dopasowanie białek
-
- rec: ncbi-epcr
- Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites
-
- rec: ncbi-tools-bin
- NCBI libraries for biology applications (text-based utilities)
-
- rec: ncoils
- Przewidywanie budowy zwiniętej spirali drugorzędowej struktury
-
- rec: neobio
- computes alignments of amino acid and nucleotide sequences
-
- rec: paraclu
- Parametric clustering of genomic and transcriptomic features
-
- rec: parsinsert
- Parsimonious Insertion of unclassified sequences into phylogenetic trees
-
- rec: pdb2pqr
- Preparation of protein structures for electrostatics calculations
-
- rec: perm
- efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds
-
- rec: phyml
- Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
-
- rec: phyutility
- simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices
-
- rec: picard-tools
- Command line tools to manipulate SAM and BAM files
-
- rec: plink
- whole-genome association analysis toolset
-
- rec: plink1.9
- whole-genome association analysis toolset
-
- rec: plink2
- whole-genome association analysis toolset
-
- rec: poa
- Partial Order Alignment for multiple sequence alignment
-
- rec: prank
- Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences
-
- rec: prime-phylo
- bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account
-
- rec: primer3
- tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification
-
- rec: probabel
- Zestaw narzędzi do analizy asocjacyjnej całego genomu
-
- rec: probcons
- PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment
-
- rec: proda
- Wielokrotne wyrównywanie sekwencji białkowych
-
- rec: prodigal
- Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program
-
- rec: python3-biomaj3-cli
- BioMAJ client
-
- rec: python3-biopython
- Python3 library for bioinformatics
-
- rec: python3-cogent3
- framework for genomic biology
-
- rec: qiime
- Quantitative Insights Into Microbial Ecology
-
- rec: r-bioc-edger
- Empirical analysis of digital gene expression data in R
-
- rec: r-bioc-hilbertvis
- GNU R package to visualise long vector data
-
- rec: r-cran-pvclust
- Hierarchical Clustering with P-Values via Multiscale Bootstrap
-
- rec: r-cran-qtl
- GNU R package for genetic marker linkage analysis
-
- rec: r-cran-vegan
- Community Ecology Package for R
-
- rec: r-other-mott-happy.hbrem
- GNU R package for fine-mapping complex diseases
-
- rec: raster3d
- tools for generating images of proteins or other molecules
-
- rec: readseq
- Konwersja między różnymi formatami sekwencji białek
-
- rec: rnahybrid
- Fast and effective prediction of microRNA/target duplexes
-
- rec: rtax
- Classification of sequence reads of 16S ribosomal RNA gene
-
- rec: samtools
- Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM
-
- rec: seqan-apps
- C++ library for the analysis of biological sequences
-
- rec: sibsim4
- align expressed RNA sequences on a DNA template
-
- rec: sigma-align
- Simple greedy multiple alignment of non-coding DNA sequences
-
- rec: sim4
- tool for aligning cDNA and genomic DNA
-
- rec: smalt
- Sequence Mapping and Alignment Tool
-
- rec: snap
- Lokalizacja genów z sekwencji DNA za pomocą ukrytego modelu Markowa
-
- rec: soapdenovo
- short-read assembly method to build de novo draft assembly
-
- rec: soapdenovo2
- short-read assembly method to build de novo draft assembly
-
- rec: squizz
- Konwerter sekwencji i dopasowań genetycznych
-
- rec: sra-toolkit
- utilities for the NCBI Sequence Read Archive
-
- rec: ssake
- Aplikacja genomiczna do łączenia milionów bardzo krótkich sekwencji DNA
-
- rec: staden-io-lib-utils
- programs for manipulating DNA sequencing files
-
- rec: t-coffee
- Wielosekwencyjne wyrównanie
-
- rec: tabix
- Narzędzie do indeksowania plików z tabulacjami rozdzielającymi pozycje genomu
-
- rec: theseus
- superimpose macromolecules using maximum likelihood
-
- rec: tigr-glimmer
- Gene detection in archea and bacteria
-
- rec: tree-puzzle
- Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood
- lub tree-ppuzzle
- Parallelized reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood
-
- rec: vcftools
- Zbiór narzędzi do pracy z plikami VCF
-
- rec: velvet
- Nucleic acid sequence assembler for very short reads
-
- rec: wise
- comparison of biopolymers, like DNA and protein sequences
Pobieranie med-cloud
| Architektura | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
|---|---|---|---|
| all | 9,6 KiB | 30,0 KiB | [lista plików] |