Pakiet: prokka (1.14.6+dfsg-6)

Odnośniki dla prokka

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego prokka:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

Szybka adnotacja genomów prokariotycznych

Typowy genom o wielkości 4 Mbp można w pełni opisać w czasie krótszym niż 10 minut na komputerze z czterordzeniowym procesorem oraz można go łatwo skalować do 32-rdzeniowych systemów SMP. Tworzy pliki GFF3, GBK i SQN, które są gotowe do edycji w Sequin, a później przedłożenia do Genbank/DDJB/ENA.

Inne pakiety związane z prokka

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: aragorn

tRNA and tmRNA detection in nucleotide sequences
dep: default-jre

Standard Java or Java compatible Runtime
dep: hmmer

profile hidden Markov models for protein sequence analysis
dep: infernal

Wyrównywanie drugorzędowej struktury RNA
dep: less

Program do stronicowania plików, podobny do more
dep: libbio-perl-perl

BioPerl core perl modules
dep: libbio-searchio-hmmer-perl

perl parser for HMMER2 and HMMER3 output (hmmscan, hmmsearch, hmmpfam)
dep: libswiss-perl

Perl API to the UniProt database
dep: libxml-simple-perl

Perl module for reading and writing XML
dep: ncbi-blast+

next generation suite of BLAST sequence search tools
dep: ncbi-tools-bin

NCBI libraries for biology applications (text-based utilities)
dep: parallel

build and execute command lines from standard input in parallel
dep: perl

praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla
dep: prodigal

Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

Pobieranie prokka

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	14 855,6 KiB	106 501,0 KiB	[lista plików]