Pakiet: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7 i inne)

Odnośniki dla lumpy-sv

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego lumpy-sv:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

Ogólna platforma probabilistyczna do odkrywania wariantów strukturalnych

LUMPY, nowatorska platforma odkrywania SV, która w naturalny sposób integruje wiele sygnałów SV łącznie dla wielu próbek. LUMPY zapewnia lepszą czułość, zwłaszcza gdy sygnał SV jest zmniejszony z powodu albo niskiego pokrycia danych, albo niskiej częstotliwości wariantów alleli wewnątrz próbki.

Inne pakiety związane z lumpy-sv

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: bamkit

Narzędzia do wykonywania typowych czynności z plikami BAM
dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libc6 (>= 2.34)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: python3

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
dep: python3-numpy

Fast array facility to the Python language (Python 3)
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: samblaster

marks duplicates, extracts discordant/split reads
dep: samtools

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

rec: sambamba

tools for working with SAM/BAM data

Pobieranie lumpy-sv

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
i386	0.3.1+dfsg-7+b1	221,6 KiB	735,0 KiB	[lista plików]