Pakiet: bioperl-run (1.7.3-11)

Odnośniki dla bioperl-run

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego bioperl-run:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [metacpan.org]

Podobne pakiety:

Nakładki na BioPerl: skrypty

Pakiet zawiera skrypty z pakietu BioPerl-Run. Instaluje on również wszystkie nakładkowe aplikacje pakowane w Debianie. Aplikacje, które nie są wolne są "Sugerowane" przez ten pakiet.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::perl, interface::commandline, Rola: Program

Inne pakiety związane z bioperl-run

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: bioperl (>= 1.7.4)

Narzędzia do obliczeniowej biologii molekularnej, oparte na Perlu
dep: default-jdk-headless

Standard Java or Java compatible Development Kit (headless)
dep: libbio-cluster-perl

BioPerl cluster modules
dep: libbio-eutilities-perl

BioPerl interface to the Entrez Programming Utilities (E-utilities)
dep: libbio-featureio-perl

Modules for reading, writing, and manipulating sequence features
dep: libbio-perl-run-perl (= 1.7.3-11)

BioPerl wrappers: modules
dep: libbio-tools-run-remoteblast-perl

Object for remote execution of the NCBI Blast via HTTP
dep: libsoap-lite-perl

Perl implementation of a SOAP client and server
dep: libtest-requiresinternet-perl

module to easily test network connectivity
dep: perl

praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

rec: amap-align

Wielokrotne wyrównywanie białek poprzez sekwencyjne wyżarzanie
rec: bwa

Burrows-Wheeler Aligner
rec: exonerate

generic tool for pairwise sequence comparison
rec: kalign

Globalne i progresywne dopasowywanie wielu sekwencji
rec: lagan

highly parametrizable pairwise global genome sequence aligner
rec: mafft

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
rec: maq

maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences
rec: muscle

Multiple alignment program of protein sequences
rec: ncbi-blast+-legacy

NCBI Blast legacy call script
rec: ncoils

Przewidywanie budowy zwiniętej spirali drugorzędowej struktury
rec: pal2nal

converts proteins to genomic DNA alignment
rec: phylip

package of programs for inferring phylogenies
rec: primer3

tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification
rec: probalign

multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities
rec: probcons

PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment
rec: raxml

Randomizowane maksymalne prawdopodobieństwo drzew filogenetycznych
rec: sim4

tool for aligning cDNA and genomic DNA
rec: t-coffee

Wielosekwencyjne wyrównanie
rec: wise

comparison of biopolymers, like DNA and protein sequences

sug: bedtools

suite of utilities for comparing genomic features
sug: bowtie

Ultrafast memory-efficient short read aligner
sug: clustalw

global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
sug: emboss

European molecular biology open software suite
sug: fasta3

tools for searching collections of biological sequences
sug: gmap

Dopasowanie splicingowe i tolerancyjne SNP dla mRNA i krótkich odczytów
sug: hmmer

profile hidden Markov models for protein sequence analysis
sug: hyphy-pt

Hypothesis testing using Phylogenies (pthreads version)

lub hyphy-mpi

Hypothesis testing using Phylogenies (MPI version)
sug: infernal

Wyrównywanie drugorzędowej struktury RNA
sug: libbio-tools-run-alignment-clustalw-perl

Bioperl interface to Clustal W
sug: pftools

build and search protein and DNA generalized profiles
sug: phyml

Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
sug: samtools

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM
sug: tigr-glimmer

Gene detection in archea and bacteria
sug: trnascan-se

detection of transfer RNA genes in genomic sequence

Pobieranie bioperl-run

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	35,3 KiB	89,0 KiB	[lista plików]