wszystkie opcje
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Pakiet źródłowy: abacas  ]

Pakiet: abacas (1.3.1-9)

Odnośniki dla abacas

Screenshot

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego abacas:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Podobne pakiety:

Wypełnianie odstępów w dopasowaniach genomicznych z krótkich odczytów

ABACAS (Algorithm Based Automatic Contiguation of Assembled Sequences) przeznaczony jest do szybkiej obsługi przylegania połączonych sekwencji (wyrównania, uporządkowania, orientacji), wizualizacji i projektowania primerów w celu zlikwidowania odstępów w podwójnie połączonych sekwencjach przylegających (kontigach) opartych na sekwencji referencyjnej.

ABACAS używa systemu Mummer aby znaleźć miejsca wyrównania i zidentyfikować synteny gotowych sekwencji przylegających w stosunku do punktu odniesienia. Wynik jest następnie przetwarzany w celu wygenerowania pseudomolekuł składanych z nakładających się sekwencji przylegających i uwzględnionych odstępów. ABACAS generuje plik porównywania, który można wykorzystać do wizualizacji uporządkowania i orientacji sekwencji przylegających za pomocą narzędzia ACT. Synteny jest reprezentowane przez czerwone paski, w których intensywność koloru maleje wraz z mniejszymi wartościami procentowymi zbieżności pomiędzy porównywalnymi blokami. Informacje na temat sekwencji przylegających takich jak orientacja, procentowa zbieżność, zasięg i pokrywanie się z innymi sekwencjami przylegającymi mogą być również wizualizowane przez załadowanie pliku wyprowadzanej funkcji w programie ACT.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::perl, interface::commandline, Interfejs użytkownika: Interaktywny interfejs tekstowy, Rola: role::program, scope::utility

Inne pakiety związane z abacas

  • wymaga
  • poleca
  • sugeruje
  • enhances

Pobieranie abacas

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura Rozmiar pakietu Rozmiar po instalacji Pliki
all 24,1 KiB109,0 KiB [lista plików]