Pakiet: ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde i inne)

Odnośniki dla ngmlr

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego ngmlr:

Opiekun:

Debian Med Packaging Team (Strona QA, Archiwum e-mail)

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

Pakiet eksperymentalny

Ostrzeżenie: Pakiet pochodzi z dystrybucji eksperymentalnej. Oznacza to, że prawdopodobnie jest niestabilny lub zawiera błędy i może spowodować nawet utratę danych. Przed użyciem pakietu proszę koniecznie zapoznać się z dziennikiem zmian i inną dostępną dokumentacją.

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

Inne pakiety związane z ngmlr

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, loong64, riscv64, sh4]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.36) [loong64, sh4]

dep: libc6 (>= 2.38) [riscv64]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc++6 (>= 11) [nie riscv64]

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]
dep: libunwind8 [ia64]

Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie ngmlr

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	674,0 KiB	1 303,0 KiB	[lista plików]
amd64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	673,6 KiB	1 157,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	653,2 KiB	1 173,0 KiB	[lista plików]
armel	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	648,4 KiB	1 112,0 KiB	[lista plików]
armhf	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	649,1 KiB	1 008,0 KiB	[lista plików]
i386	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	680,5 KiB	1 184,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	721,5 KiB	1 631,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	659,6 KiB	1 158,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	664,0 KiB	1 180,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	657,1 KiB	1 260,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677,1 KiB	1 301,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677,3 KiB	1 237,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde+b1	669,4 KiB	1 078,0 KiB	[lista plików]
s390x	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	654,8 KiB	1 173,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	696,3 KiB	1 173,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	651,9 KiB	1 753,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	672,1 KiB	1 136,0 KiB	[lista plików]