Pakiet: fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde) [debports]

Odnośniki dla fasta3

Zasoby systemu Debian:

Raporty o błędach

Pobieranie pakietu źródłowego :

Nie znaleziono

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [fasta.bioch.virginia.edu]

Podobne pakiety:

Pakiet eksperymentalny

Ostrzeżenie: Pakiet pochodzi z dystrybucji eksperymentalnej. Oznacza to, że prawdopodobnie jest niestabilny lub zawiera błędy i może spowodować nawet utratę danych. Przed użyciem pakietu proszę koniecznie zapoznać się z dziennikiem zmian i inną dostępną dokumentacją.

tools for searching collections of biological sequences

The FASTA programs find regions of local or global similarity between Protein or DNA sequences, either by searching Protein or DNA databases, or by identifying local duplications within a sequence. Other programs provide information on the statistical significance of an alignment. Like BLAST, FASTA can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families.

 * Protein
   - Protein-protein FASTA
   - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch)
   - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch)
   - Global/Local protein-protein (glsearch)
   - Protein-protein with unordered peptides (fasts)
   - Protein-protein with mixed peptide sequences (fastf)

 * Nucleotide
   - Nucleotide-Nucleotide (DNA/RNA fasta)
   - Ordered Nucleotides vs Nucleotide (fastm)
   - Un-ordered Nucleotides vs Nucleotide (fasts)

 * Translated
   - Translated DNA (with frameshifts, e.g. ESTs)
     vs Proteins (fastx/fasty)
   - Protein vs Translated DNA (with frameshifts)
     (tfastx/tfasty)
   - Peptides vs Translated DNA (tfasts)

 * Statistical Significance
   - Protein vs Protein shuffle (prss)
   - DNA vs DNA shuffle (prss)
   - Translated DNA vs Protein shuffle (prfx)

 * Local Duplications
   - Local Protein alignments (lalign)
   - Plot Protein alignment "dot-plot" (plalign)
   - Local DNA alignments (lalign)
   - Plot DNA alignment "dot-plot" (plalign)

This software is often used via a web service at the EBI with readily indexed reference databases at http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.

Inne pakiety związane z fasta3

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6.1 (>= 2.36)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

rec: r-base-core

GNU R core of statistical computation and graphics system

sug: bedtools

suite of utilities for comparing genomic features
sug: libdbd-mysql-perl

Perl5 database interface to the MariaDB/MySQL database
sug: libdbi-perl

Interfejs bazodanowy Perl (DBI)
sug: libhtml-tableextract-perl

module for extracting the content contained in HTML tables
sug: libjson-perl

module for manipulating JSON-formatted data
sug: liburi-encode-perl

Perl module to encode and decode strings to URIs
sug: libwww-perl

Prosty i spójny interfejs do WWW
sug: libxml-twig-perl

Perl module for processing huge XML documents in tree mode
sug: ncbi-blast+

next generation suite of BLAST sequence search tools
sug: perl

praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla
sug: python3-mysqldb

Python interface to MySQL

Pobieranie fasta3

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
ia64 (port nieoficjalny)	1 074,4 KiB	11 899,0 KiB	[lista plików]