Pakiet: sortmerna (2.1-3)

Odnośniki dla sortmerna

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego sortmerna:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [bioinfo.lifl.fr]

Podobne pakiety:

tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads

SortMeRNA is a biological sequence analysis tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads. The core algorithm is based on approximate seeds and allows for fast and sensitive analyses of nucleotide sequences. The main application of SortMeRNA is filtering rRNA from metatranscriptomic data. Additional applications include OTU-picking and taxonomy assignation available through QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1). SortMeRNA takes as input a file of reads (fasta or fastq format) and one or multiple rRNA database file(s), and sorts apart rRNA and rejected reads into two files specified by the user. Optionally, it can provide high quality local alignments of rRNA reads against the rRNA database. SortMeRNA works with Illumina, 454, Ion Torrent and PacBio data, and can produce SAM and BLAST-like alignments.

Inne pakiety związane z sortmerna

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.4) [i386]
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [i386]
dep: libgomp1 (>= 4.9)

Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: sse2-support [i386]

prevent installation on processors without required instructions

rec: python

Interaktywny, wysokopoziomowy język obiektowy (wersja Python2)

Pobieranie sortmerna

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	525,5 KiB	997,0 KiB	[lista plików]
i386	526,0 KiB	1 039,0 KiB	[lista plików]