Pakiet: sga (0.10.15-4)

Odnośniki dla sga

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego sga:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Inne pakiety związane z sga

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libbamtools2.5.1

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libc6 (>= 2.23)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgomp1 (>= 4.9)

Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: python

Interaktywny, wysokopoziomowy język obiektowy (wersja Python2)
dep: python-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 2)
dep: python-ruffus

Python computation pipeline library widely used in bioinformatics
dep: samtools

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

rec: abyss (>= 2.0.2-1)

Nowy, równoległy, sekwencyjny asembler do krótkich odczytów

Pobieranie sga

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	954,4 KiB	2 875,0 KiB	[lista plików]
arm64	670,7 KiB	2 011,0 KiB	[lista plików]