Pakiet: bowtie2 (2.3.4.3-1)

Odnośniki dla bowtie2

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego bowtie2:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [bowtie-bio.sourceforge.net]

Podobne pakiety:

ultrafast memory-efficient short read aligner

is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s or 1,000s of characters, and particularly good at aligning to relatively long (e.g. mammalian) genomes.

Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index to keep its memory footprint small: for the human genome, its memory footprint is typically around 3.2 GB. Bowtie 2 supports gapped, local, and paired-end alignment modes

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Interfejs użytkownika: Wiersz poleceń, Rola: role::program, use::comparing, Działa z: Sekwencje biologiczne

Inne pakiety związane z bowtie2

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.14)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: libtbb2

parallelism library for C++ - runtime files
dep: python

Interaktywny, wysokopoziomowy język obiektowy (wersja Python2)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

sug: bowtie2-examples

Examples for bowtie2

Pobieranie bowtie2

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1 160,1 KiB	5 052,0 KiB	[lista plików]