Pakiet: python-cogent (1.9-14)

Odnośniki dla python-cogent

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego python-cogent:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [pycogent.org]

Podobne pakiety:

framework for genomic biology

PyCogent is a software library for genomic biology. It is a fully integrated and thoroughly tested framework for:

 * controlling third-party applications,
 * devising workflows; querying databases,
 * conducting novel probabilistic analyses of biological sequence
   evolution, and
 * generating publication quality graphics.

It is distinguished by many unique built-in capabilities (such as true codon alignment) and the frequent addition of entirely new methods for the analysis of genomic data.

Znaczniki: Biologia: Białka, Rozwój oprogramowania: Rozwijanie w języku Python, Biblioteki, Dziedzina: field::biology, field::biology:bioinformatics, Zaimplementowane w: implemented-in::python, interface::commandline, Rola: Biblioteka deweloperska, Program, Przeznaczenie: use::analysing, use::comparing

Inne pakiety związane z python-cogent

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]
dep: python

Interaktywny, wysokopoziomowy język obiektowy (wersja Python2)

dep: python (<< 2.8)

dep: python (>= 2.7~)
dep: python-matplotlib

Python based plotting system in a style similar to Matlab
dep: python-numpy (>= 1:1.16.0~rc1)

Szybkie dodawanie obiektów tablicy, moduł do języka Python
dep: python-numpy-abi9

pakiet wirtualny udostępniany przez python-numpy

rec: blast2

transitional dummy package to ncbi-blast+-legacy
rec: bwa [amd64]

Burrows-Wheeler Aligner
rec: cd-hit

Pakiet programów przeznaczonych do szybkiego grupowania sekwencji
rec: clearcut

Niezwykle wydajna rekonstrukcja drzewa filogenetycznego
rec: dialign

Dopasowanie wielu sekwencji w oparciu o segmenty
rec: muscle

Multiple alignment program of protein sequences

sug: cdbfasta

Constant DataBase indexing and retrieval tools for multi-FASTA files
sug: clustalw

global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
sug: fasttree

phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
sug: infernal [amd64, i386]

Wyrównywanie drugorzędowej struktury RNA
sug: mafft

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
sug: mothur

Zestaw narzędzi analizy sekwencyjnej do badań nad florą bakteryjną
sug: parsinsert

Parsimonious Insertion of unclassified sequences into phylogenetic trees
sug: python-cogent-doc

docs for python-cogent
sug: raxml [amd64, i386]

Randomizowane maksymalne prawdopodobieństwo drzew filogenetycznych
sug: rdp-classifier

extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s
sug: rtax

Classification of sequence reads of 16S ribosomal RNA gene

Pobieranie python-cogent

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	2 424,4 KiB	7 794,0 KiB	[lista plików]
arm64	2 378,8 KiB	7 680,0 KiB	[lista plików]
armhf	2 383,5 KiB	7 349,0 KiB	[lista plików]
i386	2 394,6 KiB	7 765,0 KiB	[lista plików]