Pakiet: maffilter (1.3.1+dfsg-1 i inne)

Odnośniki dla maffilter

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego maffilter:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [jydu.github.io]

Podobne pakiety:

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

MafFilter applies a series of "filters" to a MAF file, in order to clean it, extract data and computer statistics while keeping track of the associated meta-data such as genome coordinates and quality scores.

 * It can process the alignment to remove low-quality / ambiguous /
   masked regions.
 * It can export data into a single or multiple alignment file in
   format such as Fasta or Clustal.
 * It can read annotation data in GFF or GTF format, and extract the
   corresponding alignment.
 * It can perform sliding windows calculations.
 * It can reconstruct phylogeny/genealogy along the genome alignment.
 * It can compute population genetics statistics, such as site
   frequency spectrum, number of fixed/polymorphic sites, etc.

Inne pakiety związane z maffilter

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libboost-iostreams1.67.0

Biblioteka Boost.Iostreams
dep: libboost-regex1.67.0 (>= 1.67.0-10)

regular expression library for C++
dep: libbpp-core4 [nie amd64]

Bio++ Core library

dep: libbpp-core4 (>= 2.4.1) [amd64]
dep: libbpp-phyl-omics3 (>= 2.4.1)

Bio++ Phylogenetics library: genomics components
dep: libbpp-phyl12 [nie amd64]

Bio++ Phylogenetic library

dep: libbpp-phyl12 (>= 2.4.1) [amd64]
dep: libbpp-seq-omics3 [nie amd64]

Bio++ Sequence library: genomics components

dep: libbpp-seq-omics3 (>= 2.4.1) [amd64]
dep: libbpp-seq12 [nie amd64]

Bio++ Sequence library

dep: libbpp-seq12 (>= 2.4.1) [amd64]
dep: libbz2-1.0

Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa
dep: libc6 (>= 2.1.3) [i386]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

dep: libc6 (>= 2.4) [armhf]
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [nie armhf]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

sug: maffilter-examples

process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)

Pobieranie maffilter

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1.3.1+dfsg-1+b1	210,3 KiB	847,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.3.1+dfsg-1+b1	189,9 KiB	795,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.3.1+dfsg-1+b1	179,7 KiB	554,0 KiB	[lista plików]
i386	1.3.1+dfsg-1+b1	213,4 KiB	806,0 KiB	[lista plików]