Pakiet: idba-extra (1.1.3-7)

Odnośniki dla idba-extra

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego idba:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

iterative De Bruijn Graph short read assemblers (extra tools)

IDBA stands for iterative de Bruijn graph assembler. In computational sequence biology, an assembler solves the puzzle coming from large sequencing machines that feature many gigabytes of short reads from a large genome.

This package provides several flavours of the IDBA assembler, as they all share the same source tree but serve different purposes and evolved over time.

IDBA is the basic iterative de Bruijn graph assembler for second-generation sequencing reads. IDBA-UD, an extension of IDBA, is designed to utilize paired-end reads to assemble low-depth regions and use progressive depth on contigs to reduce errors in high-depth regions. It is a generic purpose assembler and especially good for single-cell and metagenomic sequencing data. IDBA-Hybrid is another update version of IDBA-UD, which can make use of a similar reference genome to improve assembly result. IDBA-Tran is an iterative de Bruijn graph assembler for RNA-Seq data.

This package ships extra tools for using idba in specific situations.

Inne pakiety związane z idba-extra

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: idba

iterative De Bruijn Graph short read assemblers
dep: libatomic1 (>= 4.8) [mipsel]

Biblioteka wsparcia zapewniająca wbudowane funkcje __atomic
dep: libc6 (>= 2.29)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, i386, mipsel]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: libgomp1 (>= 6)

Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Pobieranie idba-extra

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	398,8 KiB	2 543,0 KiB	[lista plików]
arm64	346,3 KiB	2 163,0 KiB	[lista plików]
armel	337,2 KiB	2 028,0 KiB	[lista plików]
armhf	349,5 KiB	1 516,0 KiB	[lista plików]
i386	432,0 KiB	2 632,0 KiB	[lista plików]
mips64el	406,8 KiB	3 061,0 KiB	[lista plików]
mipsel	422,8 KiB	2 921,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	398,4 KiB	3 391,0 KiB	[lista plików]
s390x	359,3 KiB	2 563,0 KiB	[lista plików]