wszystkie opcje
bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Pakiet źródłowy: vcfanno  ]

Pakiet: vcfanno (0.3.5+ds-1 i inne)

Odnośniki dla vcfanno

Screenshot

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego vcfanno:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Podobne pakiety:

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

Vcfanno allows you to quickly annotate your VCF with any number of INFO fields from any number of VCFs or BED files. It uses a simple conf file to allow the user to specify the source annotation files and fields and how they will be added to the info of the query VCF.

  * For VCF, values are pulled by name from the INFO field with special
    cases of ID and FILTER to pull from those VCF columns.
  * For BED, values are pulled from (1-based) column number.
  * For BAM, depth (count), "mapq" and "seq" are currently supported.

Vcfanno is written in go and it supports custom user-scripts written in Lua. It can annotate more than 8000 variants per second with 34 annotations from 9 files on a modest laptop and over 30K variants per second using 12 processes on a server.

Inne pakiety związane z vcfanno

  • wymaga
  • poleca
  • sugeruje
  • enhances

Pobieranie vcfanno

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura Wersja Rozmiar pakietu Rozmiar po instalacji Pliki
amd64 0.3.5+ds-1+b3 2 195,4 KiB6 551,0 KiB [lista plików]
arm64 0.3.5+ds-1+b3 1 875,2 KiB6 239,0 KiB [lista plików]
armel 0.3.5+ds-1+b3 1 879,8 KiB6 297,0 KiB [lista plików]
armhf 0.3.5+ds-1+b3 1 870,9 KiB6 257,0 KiB [lista plików]
i386 0.3.5+ds-1+b3 2 046,4 KiB6 327,0 KiB [lista plików]
mips64el 0.3.5+ds-1+b3 1 695,5 KiB7 154,0 KiB [lista plików]
mipsel 0.3.5+ds-1+b3 1 730,1 KiB7 041,0 KiB [lista plików]
ppc64el 0.3.5+ds-1+b3 1 834,2 KiB6 238,0 KiB [lista plików]
s390x 0.3.5+ds-1+b3 2 007,4 KiB6 819,0 KiB [lista plików]