Pakiet: prime-phylo (1.0.11-10)

Odnośniki dla prime-phylo

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego prime-phylo:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [prime.sbc.su.se]

Podobne pakiety:

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Inne pakiety związane z prime-phylo

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libblas3

Implementacje Basic Linear Algebra Reference, biblioteka współdzielona

lub libblas.so.3

pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0)

C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)
dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

serialization library for C++
dep: libc6 (>= 2.29)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: liblapack3

Library of linear algebra routines 3 - shared version

lub liblapack.so.3

pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libopenmpi3 (>= 4.1.0)

high performance message passing library -- shared library
dep: libstdc++6 (>= 9)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: libxml2 (>= 2.7.4)

Biblioteka GNOME XML
dep: perl

praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

sug: mafft

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
sug: mrbayes

Bayesian Inference of Phylogeny
sug: muscle

Multiple alignment program of protein sequences
sug: njplot

phylogenetic tree drawing program
sug: phyml

Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
sug: probalign

multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities
sug: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
sug: raxml

Randomizowane maksymalne prawdopodobieństwo drzew filogenetycznych
sug: treeviewx

Wyświetla i drukuje drzewa filogenetyczne

Pobieranie prime-phylo

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
mipsel	691,5 KiB	3 255,0 KiB	[lista plików]