Pakiet: parsnp (1.7.4+dfsg-2)

Odnośniki dla parsnp

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego parsnp:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [harvest.readthedocs.org]

Podobne pakiety:

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Inne pakiety związane z parsnp

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: fasttree

phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
dep: harvest-tools

archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments
dep: libc6 (>= 2.34)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgomp1 (>= 6)

Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

multiple alignment library for protein sequences
dep: libstdc++6 (>= 11)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: mummer

Efficient sequence alignment of full genomes
dep: phipack

PHI test and other tests of recombination
dep: python3

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
dep: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
dep: python3-numpy

Fast array facility to the Python 3 language
dep: raxml

Randomizowane maksymalne prawdopodobieństwo drzew filogenetycznych

rec: python3-dendropy

DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

Pobieranie parsnp

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
arm64	181,8 KiB	1 920,0 KiB	[lista plików]