Pakiet: ivar (1.3.1+dfsg-7)

Odnośniki dla ivar

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego ivar:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing

iVar is a computational package that contains functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing. Additional tools for metagenomic sequencing are actively being incorporated into iVar. While each of these functions can be accomplished using existing tools, iVar contains an intersection of functionality from multiple tools that are required to call iSNVs and consensus sequences from viral sequencing data across multiple replicates. iVar provided the following functions:

 1. trimming of primers and low-quality bases,
 2. consensus calling,
 3. variant calling - both iSNVs and insertions/deletions, and
 4. identifying mismatches to primer sequences and excluding the
    corresponding reads from alignment files.

Inne pakiety związane z ivar

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libhts3 (>= 1.10)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 11)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

rec: samtools

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

Pobieranie ivar

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
arm64	194,2 KiB	1 463,0 KiB	[lista plików]