[ Bron: canu ]
Pakket: canu (2.2+dfsg-5 en anderen)
Verwijzigingen voor canu
Debian bronnen:
Het bronpakket canu downloaden:
Beheerder:
Externe bronnen:
- Homepage [canu.readthedocs.org]
Vergelijkbare pakketten:
single molecule sequence assembler for genomes
Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).
Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:
* Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP * Generate corrected sequence consensus * Trim corrected sequences * Assemble trimmed corrected sequences
Andere aan canu gerelateerde pakketten
|
|
|
|
-
- dep: gnuplot-nox
- Command-line driven interactive plotting program. No-X package
Ook een virtueel pakket geboden door: gnuplot-qt, gnuplot-x11 - of gnuplot
- Command-line driven interactive plotting program.
Ook een virtueel pakket geboden door: gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C Bibliotheek: Gedeelde bibliotheken
Ook een virtueel pakket geboden door: libc6-udeb
-
- dep: libfilesys-df-perl
- Module to obtain filesystem disk space information
-
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2)
- GCC support bibliotheek
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP (GOMP) support library
-
- dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.10)
- fast compression/decompression library
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU Standard C++ Library v3
-
- dep: mhap
- locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps
-
- dep: perl
- Larry Wall's Practical Extraction and Report Language
-
- sug: nanopolish
- consensus caller for nanopore sequencing data