Pakket: clustalx (2.1+lgpl-9)

Multiple-alignment van nucleotide- en eiwit-sequenties (grafische interface)

Dit pakket bevat een GUI voor het Clustal multiple sequence alignment programma. Het bevat een geïntegreerde omgeving voor het uitvoeren van multiple-sequence- en profile-alignments om de resultaten te analyseren. De sequence-alignment wordt op het scherm getoond. Met behulp van een kleurenschema worden geconserveerde gebieden gemarkeerd. Voor professionele presentatie zou men de texshade LaTeX-pakketten of boxshade moeten gebruiken.

Met de menu's aan de bovenkant van het venster kunt u alle opties selecteren die benodigd zijn bij het aligne van meerdere sequenties. U kunt met knippen en plakken de volgorde van de alignment aanpassen; u kunt een subsectie van de sequenties selecteren en alignen; u kunt een bepaald deel van de alignment selecteren en opnieuw alingnen en deze vervolgens in de originele alignment terugplaatsen.

Er kan een analyse van de kwaliteit van de alignment gedaan worden en segmenten met een lage score of ongewone residuen kunnen gemarkeerd worden.

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, User Interface: Graphical User Interface, interface::x11, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Lesstif/Motif, uitoolkit::qt, use::analysing, Purpose: Comparing, use::viewing, works-with-format::plaintext, Works with: Need an extra tag, X Window Systeem: Application

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):