Pakket: bowtie (1.3.1-1 en anderen)

Verwijzigingen voor bowtie

Debian bronnen:

Het bronpakket bowtie downloaden:

Beheerders:

Debian Med Packaging Team (QA-pagina, Mailarchief)
Steffen Moeller (QA-pagina)
Andreas Tille (QA-pagina)
Ognyan Kulev (QA-pagina)
Stephan Struckmann (QA-pagina)
Alexandre Mestiashvili (QA-pagina)

Externe bronnen:

Homepage [bowtie-bio.sourceforge.net]

Vergelijkbare pakketten:

Ultrafast memory-efficient short read aligner

This package addresses the problem to interpret the results from the latest (2010) DNA sequencing technologies. Those will yield fairly short stretches and those cannot be interpreted directly. It is the challenge for tools like Bowtie to give a chromosomal location to the short stretches of DNA sequenced per run.

Bowtie aligns short DNA sequences (reads) to the human genome at a rate of over 25 million 35-bp reads per hour. Bowtie indexes the genome with a Burrows-Wheeler index to keep its memory footprint small: typically about 2.2 GB for the human genome (2.9 GB for paired-end).

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Wetenschap: science::calculation, scope::utility, Purpose: Analysing, use::comparing, works-with::biological-sequence

Andere aan bowtie gerelateerde pakketten

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

GNU C Bibliotheek: Gedeelde bibliotheken
Ook een virtueel pakket geboden door: libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

GCC support bibliotheek
dep: libstdc++6 (>= 11)

GNU Standard C++ Library v3
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

compressiebibliotheek - programma's

sug: bowtie-examples

Voorbeelden voor bowtie, de ultrasnelle, geheugenzuinige short-read aligner

bowtie downloaden

Pakket downloaden voor alle beschikbare platforms
Platform	Versie	Pakketgrootte	Geïnstalleerde grootte	Bestanden
arm64	1.3.1-1+b1	1.208,3 kB	6.293,0 kB	[overzicht]