すべてのオプション
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ ソース: tnseq-transit  ]

パッケージ: tnseq-transit (3.3.4-1)

tnseq-transit に関するリンク

Screenshot

Debian の資源:

tnseq-transit ソースパッケージをダウンロード:

メンテナ:

外部の資源:

類似のパッケージ:

統計的な遺伝子もしくはゲノム領域の必須性計算

Tn-Seq データセットの解析用のソフトウェアです。遺伝子およびゲノム領域の必須性の 様々な統計計算手法 (2条件間の条件付必須性を含む) を含みます。これらの手法は Sassetti lab (UMass) と Ioerger lab (Texas A&M) のコラボレーションにより 開発および検証されています。

TRANSIT は Himar1 または Tn5 データセットから構築された TnSeq ライブラリを 解析することができます。

TRANSIT はローシークエンスファイル (.fastq) の前処理が済んでおり、 リードカウントが .wig フォーマットのファイルに抽出されていることを想定 しています。.wig ファイルには挿入が起こりうる (リードがないサイトを含む) 全てのサイトのカウントが含まれていることが要求されます。Himar1 データセット の場合、これはゲノム内の全 TA サイトです。Tn5 データセットの場合、 これはゲノム中ノ全ヌクレオチドになるでしょう。

その他の tnseq-transit 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
  • enhances

tnseq-transit のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
armel 29,212.4 kB163,131.0 kB [ファイル一覧]