パッケージ: bowtie (1.3.1-3) [debports]
bowtie に関するリンク
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外部の資源:
- ホームページ [bowtie-bio.sourceforge.net]
類似のパッケージ:
Ultrafast memory-efficient short read aligner
This package addresses the problem to interpret the results from the latest (2010) DNA sequencing technologies. Those will yield fairly short stretches and those cannot be interpreted directly. It is the challenge for tools like Bowtie to give a chromosomal location to the short stretches of DNA sequenced per run.
Bowtie aligns short DNA sequences (reads) to the human genome at a rate of over 25 million 35-bp reads per hour. Bowtie indexes the genome with a Burrows-Wheeler index to keep its memory footprint small: typically about 2.2 GB for the human genome (2.9 GB for paired-end).
その他の bowtie 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.4)
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: python3
- 対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
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- sug: bowtie-examples
- Examples for bowtie, the ultrafast memory-efficient short read aligner