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パッケージ: velvet (1.2.10+dfsg1-9)

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非常に短いリード用塩基配列アセンブラ

Velvet は de novo ゲノムアセンブラであり、短いリードの塩基配列決定技術、た とえば Solexa や 454 などのために特別に設計されています。イギリスのケンブ リッジの近くにあるヨーロッパバイオインフォマティクス研究所 (EMBL-EBI) の Daniel Zerbino と Ewan Birney によって開発されました。

Velvet は現在のところ、短いリードの配列を取り込み、エラーを取り除いてから品 質の高い相互に異なるコンティグを生成します。そして、もし利用可能なら、ペア になっているリードの情報を用いて、コンティグ間のリピート領域を回収します。

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 目的: 解析

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