[ ソース: stacks ]
パッケージ: stacks (2.66+dfsg-1 など)
stacks に関するリンク
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メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [creskolab.uoregon.edu]
類似のパッケージ:
pipeline for building loci from short-read DNA sequences
Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.
Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>
その他の stacks 関連パッケージ
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- dep: bsdextrautils
- 4.4BSD-Lite 由来の追加ユーティリティ
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libdbi-perl
- Perl Database Interface (DBI)
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4)
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
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- dep: libhts3t64 (>= 1.17)
- C library for high-throughput sequencing data formats
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: python3
- 対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
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- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
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- rec: libspreadsheet-writeexcel-perl
- module to create Excel spreadsheets
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- rec: littler
- GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: r-cran-littler
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- sug: gdb
- GNU デバッガ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: gdb-minimal