パッケージ: velvet (1.2.10+dfsg1-8) [debports]
非常に短いリード用塩基配列アセンブラ
Velvet は de novo ゲノムアセンブラであり、短いリードの塩基配列決定技術、た とえば Solexa や 454 などのために特別に設計されています。イギリスのケンブ リッジの近くにあるヨーロッパバイオインフォマティクス研究所 (EMBL-EBI) の Daniel Zerbino と Ewan Birney によって開発されました。
Velvet は現在のところ、短いリードの配列を取り込み、エラーを取り除いてから品 質の高い相互に異なるコンティグを生成します。そして、もし利用可能なら、ペア になっているリードの情報を用いて、コンティグ間のリピート領域を回収します。
その他の velvet 関連パッケージ
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- dep: libc6.1 (>= 2.36)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
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- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
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- sug: velvet-example
- Example data for the Velvet sequence assembler