パッケージ: iva (1.0.11+ds-5) [debports]
反復ウイルス配列アセンブラー
IVA は、極端に深い混合種群から得られた、Illumina リードペアから 繰り返し配列を持たないウイルスゲノムをアセンブルするために設計された、 新しいアセンブラーです。
IVA のメインアルゴリズムは、反復的にアラインされたリードペアを用いて コンティグを拡張していくことで動作します。入力はリードペアだけでも よいですし、追加で既存のコンティグを与えてそれを拡張させることもできます。 また、リードと参照配列を一緒に与えることもできます。
その他の iva 関連パッケージ
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- dep: default-jre-headless
- Standard Java or Java compatible Runtime (headless)
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- dep: fastaq
- FASTA and FASTQ file manipulation tools
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- dep: kmc
- count kmers in genomic sequences
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- dep: mummer
- 遺伝子全体の効率的な配列アライメント
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- dep: perl
- Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語
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- dep: python3
- 対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
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- dep: python3-networkx
- tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)
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- dep: python3-numpy
- Fast array facility to the Python language (Python 3)
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- dep: python3-packaging
- core utilities for python3 packages
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- dep: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
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- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
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- dep: smalt
- Sequence Mapping and Alignment Tool
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- rec: bioperl
- Perl tools for computational molecular biology
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- rec: r-base-core
- GNU R core of statistical computation and graphics system
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- rec: trimmomatic
- flexible read trimming tool for Illumina NGS data