[ ソース: tnseq-transit ]
パッケージ: tnseq-transit (3.3.12-1)
tnseq-transit に関するリンク
Debian の資源:
tnseq-transit ソースパッケージをダウンロード:
- [tnseq-transit_3.3.12-1.dsc]
- [tnseq-transit_3.3.12.orig.tar.gz]
- [tnseq-transit_3.3.12-1.debian.tar.xz]
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [saclab.tamu.edu]
類似のパッケージ:
統計的な遺伝子もしくはゲノム領域の必須性計算
Tn-Seq データセットの解析用のソフトウェアです。遺伝子およびゲノム領域の必須性の 様々な統計計算手法 (2条件間の条件付必須性を含む) を含みます。これらの手法は Sassetti lab (UMass) と Ioerger lab (Texas A&M) のコラボレーションにより 開発および検証されています。
TRANSIT は Himar1 または Tn5 データセットから構築された TnSeq ライブラリを 解析することができます。
TRANSIT はローシークエンスファイル (.fastq) の前処理が済んでおり、 リードカウントが .wig フォーマットのファイルに抽出されていることを想定 しています。.wig ファイルには挿入が起こりうる (リードがないサイトを含む) 全てのサイトのカウントが含まれていることが要求されます。Himar1 データセット の場合、これはゲノム内の全 TA サイトです。Tn5 データセットの場合、 これはゲノム中ノ全ヌクレオチドになるでしょう。
その他の tnseq-transit 関連パッケージ
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- dep: bwa
- Burrows-Wheeler Aligner
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- dep: python3
- 対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
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- dep: python3-matplotlib
- Python based plotting system in a style similar to Matlab
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- dep: python3-numpy
- Python library for numerical computations (Python 3)
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- dep: python3-pil
- Python Imaging Library (Python3)
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- dep: python3-pubsub
- Python 3 publish-subcribe library
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- dep: python3-scipy
- scientific tools for Python 3
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- dep: python3-sklearn
- Python modules for machine learning and data mining - Python 3
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- dep: python3-statsmodels
- Python3 module for the estimation of statistical models
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- dep: python3-wheel
- built-package format for Python
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- dep: python3-wxgtk4.0
- Python 3 interface to the wxWidgets Cross-platform C++ GUI toolkit
tnseq-transit のダウンロード
| アーキテクチャ | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|
| amd64 | 17,162.1 kB | 98,383.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 17,162.1 kB | 98,383.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 17,162.1 kB | 98,383.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 17,162.1 kB | 98,383.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 17,162.2 kB | 98,383.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 17,162.2 kB | 98,383.0 kB | [ファイル一覧] |
| s390x | 17,162.1 kB | 98,383.0 kB | [ファイル一覧] |