パッケージ: fastahack (1.0.0+dfsg-11 など)

fastahack に関するリンク

Debian の資源:

libfastahack ソースパッケージをダウンロード:

メンテナ:

外部の資源:

ホームページ [github.com]

類似のパッケージ:

utility for indexing and sequence extraction from FASTA files

fastahack is a small application for indexing and extracting sequences and subsequences from FASTA files. The included Fasta.cpp library provides a FASTA reader and indexer that can be embedded into applications which would benefit from directly reading subsequences from FASTA files. The library automatically handles index file generation and use.

Features:

 * FASTA index (.fai) generation for FASTA files
 * Sequence extraction
 * Subsequence extraction
 * Sequence statistics (currently only entropy is provided)

Sequence and subsequence extraction use fseek64 to provide fastest-possible extraction without RAM-intensive file loading operations. This makes fastahack a useful tool for bioinformaticists who need to quickly extract many subsequences from a reference FASTA sequence.

その他の fastahack 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libc6 (>= 2.38)

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

library for entropy measurement of byte streams
dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f) [amd64, arm64, ppc64el]

library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)

dep: libfastahack0 (>= 1.0.0+dfsg) [amd64, arm64, ppc64el 以外]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armhf 以外]

GCC 共有ライブラリ

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

GNU 標準 C++ ライブラリ v3

fastahack のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	1.0.0+dfsg-11+b2	12.4 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.0.0+dfsg-11+b2	11.9 kB	85.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.0.0+dfsg-11+b2	11.6 kB	36.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.0.0+dfsg-11+b2	12.6 kB	44.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.0.0+dfsg-11+b2	12.3 kB	85.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.0.0+dfsg-11+b2	11.7 kB	37.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.0.0+dfsg-11+b2	12.0 kB	41.0 kB	[ファイル一覧]