パッケージ: sspace (2.1.1+dfsg-4)

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類似のパッケージ:

scaffolding pre-assembled contigs after extension

SSAKE-based Scaffolding of Pre-Assembled Contigs after Extension (SSPACE) is a script able to extend and scaffold pre-assembled contigs using one or more mate pairs or paired-end libraries, or even a combination.

SSPACE is built based on SSAKE. Code of SSAKE is changed to be able to extend and scaffold pre-assembled contigs for multiple paired reads libraries.

This is the free 'basic' version of SSPACE. The non-free 'standard' version is available directly from Baseclear.

その他の sspace 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: bowtie

Ultrafast memory-efficient short read aligner
dep: perl

Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語
dep: python

対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (Python2 バージョン)

sspace のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
all	1,308.3 kB	1,445.0 kB	[ファイル一覧]