パッケージ: libfreecontact0v5 (1.0.21-13)
libfreecontact0v5 に関するリンク
Debian の資源:
freecontact ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [rostlab.org]
類似のパッケージ:
fast protein contact predictor library
FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).
FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.
A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.
jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.
This package contains the shared library implementing freecontact.
その他の libfreecontact0v5 関連パッケージ
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- dep: libblas3
- 基本線形代数のリファレンス実装 - 共有ライブラリ
- または libblas.so.3
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf 以外]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
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- dep: libgfortran5 (>= 8)
- GNU Fortran アプリケーション用ランタイムライブラリ
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
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- dep: liblapack3
- 線形代数ルーチンライブラリ 3 - 共有ライブラリ版
- または liblapack.so.3
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
libfreecontact0v5 のダウンロード
| アーキテクチャ | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|
| amd64 | 74.3 kB | 194.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 66.0 kB | 217.0 kB | [ファイル一覧] |
| armel | 57.2 kB | 153.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 57.8 kB | 121.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 64.3 kB | 173.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 65.0 kB | 224.0 kB | [ファイル一覧] |
| mipsel | 66.5 kB | 223.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 81.1 kB | 218.0 kB | [ファイル一覧] |
| s390x | 67.3 kB | 198.0 kB | [ファイル一覧] |