[ Source: python-pyfaidx ]
Package: python-pyfaidx-examples (0.5.9.2-1)
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Similar packages:
dati d'esempio per accesso casuale efficiente per sottosequenze FASTA in Python
Samtools fornisce una funzione "faidx" (FAsta InDeX) che crea un piccolo file indice piatto ".fai" che permette un accesso casuale veloce a qualsiasi sottosequenza del file FASTA indicizzato, caricando solo una quantità minima del file in memoria. Questo modulo Python implementa classi Python pure per indicizzazione, recupero e modifica sul posto di file FASTA usando un indice compatibile con samtools. Il modulo pyfaidx è compatibile a livello di API con il modulo seqdb di pygr. Uno script "faidx" a riga di comando viene installato accanto al modulo pyfaidx e facilita manipolazioni complesse di file FASTA senza alcuna conoscenza di programmazione.
Questo pacchetto fornisce i dati d'esempio per testare i moduli Python.
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