Paquet : kleborate-examples (2.4.1-3)

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Paquets similaires :

outil pour filtrer des assemblages de génome de klebsiella – exemple de données

Kleborate est un outil pour filtrer les assemblages de génome de klebsiella pour :

 – des types de séquence MLST ;
 – des espèces (par exemple,  K. pneumoniae, K. quasipneumoniae,
   K. variicola, etc.) ;
 – des loci ICEKp associés à la virulence : yersiniabactin (ybt),
   colibactin (clb) ;
 – des loci associés à des plasmides de virulence : salmochelin (iro),
   aerobactin (iuc), hypermucoidy (rmpA, rmpA2) ;
 – des gènes de résistance antimicrobienne, dont les SNP de résistance
   à la quinolone et les troncations de résistance à la colistine ;
 – prédiction de serovar d’antigène K (capsule) et O (LPS) à l’aide
   d’allèles et Kaptive.

Ce paquet fournit des exemples de données et des tests utilisés dans autopkgtest.

Autres paquets associés à kleborate-examples

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

rec: kleborate

tool to screen Klebsiella genome assemblies

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