Paquet : clonalframe (1.2-11 et autres) [debports]

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Paquets similaires :

inférence de microévolution bactérienne en utilisant des données de séquence multilocus

ClonalFrame identifie les relations clonales entre les membres d'un échantillon et estime la position chromosomale des évènements de recombinaison homologue qui peuvent perturber l'héritage clonal.

ClonalFrame peut être appliqué à n'importe quelle séquence de données, d'un fragment d'ADN à des génomes entiers. Il est performant dans l'analyse de données MLST, où 7 fragments de gène ont été séquencés, et devient progressivement de plus en plus performant à mesure que les régions séquencées augmentent en longueur et nombre jusqu'au génome entier. Il nécessite cependant que les séquences soient alignées. Si les données génomiques ne sont pas alignées, il est recommandé d'utiliser Mauve qui produit un alignement de génomes bactériens entiers au format requis par ClonalFrame pour l'analyse.

Autres paquets associés à clonalframe

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.16)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgsl27 (>= 2.7.1)

GNU Scientific Library (GSL) -- library package
dep: libstdc++6 (>= 11)

bibliothèque standard C++ de GNU v3

sug: clonalframeml

inférence efficace de recombinaison de génomes de bactéries entières

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
x32 (portage non officiel)	1.2-11+b1	50,1 ko	127,0 ko	[liste des fichiers]