Paquet : veryfasttree (4.0.5+dfsg-1 et autres)
Liens pour veryfasttree
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source veryfasttree :
- [veryfasttree_4.0.5+dfsg-1.dsc]
- [veryfasttree_4.0.5+dfsg.orig.tar.xz]
- [veryfasttree_4.0.5+dfsg-1.debian.tar.xz]
Responsables :
Ressources externes :
- Page d'accueil [github.com]
Paquets similaires :
Speeding up the estimation of phylogenetic trees from sequences
VeryFastTree is a highly efficient implementation inspired by the FastTree-2 tool, designed to expedite the inference of approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from nucleotide or protein sequence alignments. It is an optimized implementation designed to accelerate the estimation of phylogenies for large alignments. By leveraging parallelization and vectorization strategies, VeryFastTree significantly improves the performance and scalability of phylogenetic analysis, allowing it to construct phylogenetic trees in a fraction of the time previously required.
Maintaining the integrity of FastTree-2, VeryFastTree retains the same phases, methods, and heuristics used for estimating phylogenetic trees. This ensures that the topological accuracy of the trees produced by VeryFastTree remains equivalent to that of FastTree-2. Moreover, unlike the parallel version of FastTree-2, VeryFastTree guarantees deterministic results, eliminating any potential variations in the output.
To facilitate a seamless transition for users, VeryFastTree adopts the exact same command line arguments as FastTree-2. This means that by simply substituting FastTree-2 with VeryFastTree, and using the same set of options, users can significantly enhance the overall performance of their phylogenetic analyses.
Autres paquets associés à veryfasttree
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- dep: libbz2-1.0
- Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)
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- dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, loong64, sh4]
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, sparc64]
- bibliothèque de prise en charge de GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
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- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- bibliothèque de prise en charge de GCC
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- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- bibliothèque de prise en charge de GCC
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
- dep: libstdc++6 (>= 14) [non ia64, m68k]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Bibliothèque de compression - binaires
Télécharger veryfasttree
| Architecture | Version | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
|---|---|---|---|---|
| alpha (portage non officiel) | 4.0.5+dfsg-1 | 495,7 ko | 1 929,0 ko | [liste des fichiers] |
| amd64 | 4.0.5+dfsg-1 | 2 289,0 ko | 19 868,0 ko | [liste des fichiers] |
| arm64 | 4.0.5+dfsg-1 | 478,6 ko | 1 605,0 ko | [liste des fichiers] |
| armel | 4.0.5+dfsg-1 | 511,3 ko | 1 732,0 ko | [liste des fichiers] |
| armhf | 4.0.5+dfsg-1 | 504,7 ko | 1 220,0 ko | [liste des fichiers] |
| hppa (portage non officiel) | 4.0.5+dfsg-1 | 560,2 ko | 1 770,0 ko | [liste des fichiers] |
| i386 | 4.0.5+dfsg-1 | 580,3 ko | 1 932,0 ko | [liste des fichiers] |
| ia64 (portage non officiel) | 4.0.3+dfsg-1 | 599,0 ko | 3 369,0 ko | [liste des fichiers] |
| loong64 (portage non officiel) | 4.0.5+dfsg-1 | 508,6 ko | 1 733,0 ko | [liste des fichiers] |
| m68k (portage non officiel) | 4.0.5+dfsg-1 | 513,3 ko | 1 788,0 ko | [liste des fichiers] |
| mips64el | 4.0.5+dfsg-1 | 469,5 ko | 2 045,0 ko | [liste des fichiers] |
| ppc64 (portage non officiel) | 4.0.5+dfsg-1 | 528,0 ko | 2 117,0 ko | [liste des fichiers] |
| ppc64el | 4.0.5+dfsg-1 | 555,4 ko | 2 053,0 ko | [liste des fichiers] |
| riscv64 | 4.0.5+dfsg-1 | 517,4 ko | 1 261,0 ko | [liste des fichiers] |
| s390x | 4.0.5+dfsg-1 | 584,7 ko | 2 041,0 ko | [liste des fichiers] |
| sh4 (portage non officiel) | 4.0.5+dfsg-1 | 744,1 ko | 1 797,0 ko | [liste des fichiers] |
| sparc64 (portage non officiel) | 4.0.5+dfsg-1 | 447,9 ko | 2 123,0 ko | [liste des fichiers] |
| x32 (portage non officiel) | 4.0.5+dfsg-1 | 675,0 ko | 2 924,0 ko | [liste des fichiers] |