Paquet : snpomatic (1.0-7 et autres)

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Paquets similaires :

logiciel de mappage strict et rapide de « lectures courtes »

Les technologies de séquençage à haut débit génèrent de grandes quantités de courtes lectures. Leur mappage vers une séquence de référence consomme de grandes quantités de temps de processeur et de mémoire et les erreurs de mappage de lectures peuvent conduire à des alignements bruités ou incorrects.

SNP-o-matic est un logiciel de mappage strict de « lectures courtes ». Il gère un grand nombre de types et de formats de sortie pour des utilisations dans le filtrage de lectures, les alignements, les appels de création de génotypes basés sur les séquences, le réassemblage assisté de contigs, etc.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::comparing, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à snpomatic

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, arm64, ia64, loong64, sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]
dep: libc6.1 (>= 2.30) [ia64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non ia64]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [ia64]
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

Télécharger snpomatic

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.0-7	76,0 ko	217,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.0-7	83,6 ko	208,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.0-7+b1	72,4 ko	217,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.0-7	66,4 ko	167,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.0-7	67,5 ko	127,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.0-7	76,0 ko	180,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.0-7	85,9 ko	211,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.0-5	106,7 ko	393,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	1.0-7	71,7 ko	185,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.0-7	73,6 ko	183,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.0-7	74,8 ko	222,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.0-7	80,1 ko	280,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.0-7	82,2 ko	216,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.0-7	77,9 ko	156,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.0-7	79,3 ko	204,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.0-7	90,2 ko	215,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.0-7	67,5 ko	1 050,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.0-7	83,3 ko	199,0 ko	[liste des fichiers]