[ Paquet source : r-cran-alakazam ]
Paquet : r-cran-alakazam (1.3.0-1 et autres)
Liens pour r-cran-alakazam
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source r-cran-alakazam :
- [r-cran-alakazam_1.3.0-1.dsc]
- [r-cran-alakazam_1.3.0.orig.tar.gz]
- [r-cran-alakazam_1.3.0-1.debian.tar.xz]
Responsables :
Ressources externes :
- Page d'accueil [cran.r-project.org]
Paquets similaires :
lignage clonal d’immunoglobuline et analyse de diversité
Alakazam is part of the Immcantation analysis framework for Adaptive Immune Receptor Repertoire sequencing (AIRR-seq) and provides a set of tools to investigate lymphocyte receptor clonal lineages, diversity, gene usage, and other repertoire level properties, with a focus on high-throughput immunoglobulin (Ig) sequencing.
Alakazam serves five main purposes:
* Providing core functionality for other R packages in the Immcantation framework. This includes common tasks such as file I/O, basic DNA sequence manipulation, and interacting with V(D)J segment and gene annotations. * Providing an R interface for interacting with the output of the pRESTO and Change-O tool suites. * Performing lineage reconstruction on clonal populations of Ig sequences and analyzing the topology of the resultant lineage trees. * Performing clonal abundance and diversity analysis on lymphocyte repertoires. * Performing physicochemical property analyses of lymphocyte receptor sequences.
Autres paquets associés à r-cran-alakazam
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- dep: libc6 (>= 2.27)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.4)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
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- dep: r-api-4.0
- paquet virtuel fourni par r-base-core
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- dep: r-bioc-biostrings (>= 2.56.0)
- GNU R string objects representing biological sequences
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- dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.24.0)
- BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments
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- dep: r-bioc-iranges (>= 2.22.2)
- conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers
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- dep: r-cran-airr (>= 1.4.1)
- GNU R AIRR data representation reference library
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- dep: r-cran-ape
- paquet de GNU R pour l’analyse de phylogénie et d’évolution
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- dep: r-cran-dplyr (>= 1.0)
- GNU R grammar of data manipulation
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- dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.4.0)
- implementation of the Grammar of Graphics
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- dep: r-cran-igraph (>= 1.5.0)
- analyse et visualisation de réseau avec GNU R
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- dep: r-cran-matrix (>= 1.3-0)
- paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses
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- dep: r-cran-progress
- barres de progression pour terminaux pour GNU R
-
- dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.12)
- GNU R package for Seamless R and C++ Integration
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- dep: r-cran-readr
- GNU R package to read rectangular text data
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- dep: r-cran-rlang
- Functions for Base Types and Core R and 'Tidyverse' Features
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- dep: r-cran-scales
- Scale functions for visualization
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- dep: r-cran-seqinr
- GNU R biological sequences retrieval and analysis
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- dep: r-cran-stringi
- utilitaires de traitement de chaines de caractères pour GNU R
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- dep: r-cran-tibble
- GNU R Simple Data Frames
-
- dep: r-cran-tidyr (>= 1.0)
- GNU R package to easily tidy data
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- sug: r-cran-knitr
- GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
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- sug: r-cran-rmarkdown
- convert R markdown documents into a variety of formats
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- sug: r-cran-testthat
- GNU R testsuite
Télécharger r-cran-alakazam
| Architecture | Version | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
|---|---|---|---|---|
| riscv64 | 1.3.0-1+b1 | 2 364,5 ko | 2 821,0 ko | [liste des fichiers] |