Paquet : r-bioc-rsamtools (2.18.0+dfsg-1 et autres)

Liens pour r-bioc-rsamtools

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Ressources externes :

Page d'accueil [bioconductor.org]

Paquets similaires :

importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

Ce paquet fournit une interface pour les utilitaires samtools, bcftools et tabix pour la manipulation de fichiers SAM (Sequence Alignment/Map), BCF (binary variant call) et tabix compressés (indexed tab-delimited).

Autres paquets associés à r-bioc-rsamtools

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libbz2-1.0 [non hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)
dep: libc6 (>= 2.15) [m68k, sparc64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, m68k, sh4, sparc64]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libcurl4 (>= 7.18.0) [alpha, hppa, ia64, sh4, x32]

bibliothèque de transfert par URL côté client et simple d'utilisation - avec OpenSSL
dep: libcurl4t64 (>= 7.18.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x]

bibliothèque de transfert par URL côté client et simple d'utilisation - avec OpenSSL
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

Paquet indisponible
dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

Paquet indisponible
dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [m68k, sparc64]

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614) [non hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

librairie de compression au format XZ
dep: libstdc++6 (>= 11) [non m68k, sparc64]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sparc64]
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable
dep: r-api-3.4 [m68k]

Paquet indisponible
dep: r-api-3.5 [sparc64]

Paquet indisponible
dep: r-api-4.0 [non m68k, sparc64]

paquet virtuel fourni par r-base-core
dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

Paquet indisponible
dep: r-api-bioc-3.18 [non m68k, sparc64, x32]

paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics
dep: r-api-bioc-3.8 [sparc64]

Paquet indisponible
dep: r-base-core (>= 3.4.2-2) [m68k]

noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

dep: r-base-core (>= 3.5.2-1) [sparc64]

dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]
dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.1.3) [m68k]

generic functions for Bioconductor

dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.25.1) [non m68k]
dep: r-bioc-biocparallel

BioConductor facilities for parallel evaluation
dep: r-bioc-biostrings (>= 2.37.1) [m68k]

GNU R string objects representing biological sequences

dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6) [non m68k]
dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.1.3)

BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers
dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.21.6) [m68k]

BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8) [non m68k]
dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12) [non m68k]

conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

dep: r-bioc-iranges (>= 2.3.7) [m68k]
dep: r-bioc-rhtslib (>= 1.99.3) [non m68k, sparc64]

HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package
dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.13.8) [m68k]

BioConductor S4 implementation of vectors and lists

dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25) [non m68k]
dep: r-bioc-xvector (>= 0.15.1) [m68k]

BioConductor representation and manpulation of external sequences

dep: r-bioc-xvector (>= 0.19.7) [non m68k]
dep: r-bioc-zlibbioc [non m68k]

(Virtual) zlibbioc Bioconductor package
dep: r-cran-bitops

GNU R package implementing bitwise operations
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [non hppa, sh4, x32]

Bibliothèque de compression - binaires

rec: r-bioc-shortread

GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data
rec: r-cran-runit

paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

sug: r-bioc-biocstyle [non m68k, sparc64]

standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
sug: r-bioc-genomicalignments

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments
sug: r-bioc-genomicfeatures

GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations
sug: r-bioc-shortread (>= 1.19.10) [non sparc64]

GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data
sug: r-cran-knitr [non m68k, sparc64, x32]

GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
sug: r-cran-runit [non sparc64]

paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

Télécharger r-bioc-rsamtools

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.18.0+dfsg-1+b1	3 499,6 ko	5 779,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.18.0+dfsg-1+b1	3 500,1 ko	5 581,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.18.0+dfsg-1+b1	3 456,7 ko	5 585,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.18.0+dfsg-1	3 506,9 ko	5 731,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.18.0+dfsg-1+b1	3 636,0 ko	6 843,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.30.0-1	3 206,0 ko	5 170,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.18.0+dfsg-1+b1	3 452,0 ko	5 771,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.18.0+dfsg-1+b1	3 537,8 ko	6 173,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.18.0+dfsg-1+b1	3 545,3 ko	5 969,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.18.0+dfsg-1+b2	3 518,6 ko	5 393,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.18.0+dfsg-1+b1	3 509,8 ko	5 713,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	2.18.0+dfsg-1	3 552,9 ko	5 453,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.34.1-1	3 424,1 ko	5 736,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2.14.0-1	3 666,4 ko	5 700,0 ko	[liste des fichiers]