Paquet : murasaki (1.68.6-14 et autres)

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Responsables :

Ressources externes :

Page d'accueil [murasaki.dna.bio.keio.ac.jp]

Paquets similaires :

outil de détection d’homologie à travers plusieurs grands génomes

Murasaki est un outil de détection d'homologie évolutif et rapide, basé sur la théorie des langages à travers plusieurs génomes de grande taille. Il permet l'alignement global de plusieurs génomes à l'échelle du génome entier. Il prend en charge des motifs « gapped-seed » illimités et un filtrage unique basé sur TF-IDF.

Murasaki est un logiciel d'alignement d'ancrage qui est :

 – extrêmement rapide (17 heures de CPU pour l'ensemble du génome humain
   et de la souris – avec 40 nœuds: 52 minutes) ;
 – évolutif (parallélisable arbitrairement sur plusieurs nœuds à l'aide
   de MPI. Même un seul nœud avec 16 Go de RAM, il peut traiter une
   séquence de plus de 1 Gbp) ;
 – longueur de motif illimitée ;
 – tolérant aux répétitions ;
 – réduction intelligente du bruit.

Autres paquets associés à murasaki

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

opérations sur le système de fichiers (chemins portables, itération sur des répertoires,⋅etc.) en C++
dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

bibliothèque Boost.Iostreams
dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, loong64, sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 14) [non ia64, m68k]
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable
dep: murasaki-common

homology detection tool across multiple large genomes (common files)

Télécharger murasaki

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.68.6-14+b1	597,4 ko	4 978,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.68.6-14+b1	629,6 ko	4 400,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.68.6-14+b1	543,3 ko	4 319,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.68.6-14	452,9 ko	3 326,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.68.6-14	462,8 ko	2 350,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.68.6-14	586,1 ko	3 991,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.68.6-14	638,5 ko	4 166,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.68.6-13+b5	658,9 ko	8 435,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	1.68.6-14+b1	575,0 ko	4 398,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.68.6-14	483,4 ko	3 566,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.68.6-14+b1	596,1 ko	5 866,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.68.6-14+b1	603,4 ko	5 792,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.68.6-14+b1	606,8 ko	5 600,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.68.6-14+b1	584,6 ko	3 203,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.68.6-14+b1	606,9 ko	4 827,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.68.6-14	515,2 ko	3 657,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.68.6-14+b1	506,6 ko	13 459,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.68.6-14	602,5 ko	3 978,0 ko	[liste des fichiers]