Paquet : any2fasta (0.4.2-2)

conversion de divers formats de séquences en FASTA

Les outils bien connus tels que readseq et seqret d’EMBOSS, créent tous deux des ID modifiés contenant des caractères « | » ou « . », et aucun moyen n’existe pour corriger ce comportement. Cela conduit à des incompatibilités entre des versions .gbk et .fna de fichiers dans des pipelines.

Ce script utilise seulement des modules principaux de Perl, n’a pas d’autres dépendances telles que Bioperl or Biopython et s’exécute très rapidement.

Il prend en charge les formats d’entrée suivants :

 1. Fichier plat de Genbank, typiquement .gb, .gbk, .gbff (début avec LOCUS) ;
 2. Fichiier plat EMBL, typiquement .embl, (début avec ID) ;
 3. GFF avec séquence, typiquement .gff, .gff3 (début avec ##gff) ;
 4. ADN FASTA, typiquement .fasta, .fa, .fna, .ffn (début avec >) ;
 5. ADN FASTQ, typiquement .fastq, .fq (début avec @) ;
 6. Alignements CLUSTAL, typiquement .clw, .clu (début avec CLUSTAL ou MUSCLE) ;
 7. Alignements STOCKHOLM, typiquement .sth (début avec # STOCKHOLM) ;
 8. Graphe d’assemblages GFA, typiquement .gfa (début avec ^[A-Z]\t).

Les fichiers peuvent être compressés avec :

 1. gzip, typiquement .gz ;
 2. bzip2, typiquement .bz2 ;
 3. zip, typiquement .zip.

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