Paquet : parsnp (2.0.5+dfsg-1) [debports]
Liens pour parsnp
Ressources Debian :
Télécharger le paquet source :
IntrouvableResponsables :
Ressources externes :
- Page d'accueil [harvest.readthedocs.org]
Paquets similaires :
rapid core genome multi-alignment
Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.
Autres paquets associés à parsnp
|
|
|
|
-
- dep: fasttree
- arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines
-
- dep: harvest-tools
- archivage et post-traitement d’alignements multiples génomiques « reference-compressed »
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
-
- dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)
- multiple alignment library for protein sequences
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
-
- dep: mummer
- Alignement de séquence efficace de génomes complets
-
- dep: phipack
- PHI test and other tests of recombination
-
- dep: python3
- langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
-
- dep: python3-biopython
- Python3 library for bioinformatics
-
- dep: python3-numpy
- gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3
-
- dep: python3-pyspoa
- Python bindings to spoa
-
- dep: python3-tqdm
- fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool
-
- dep: raxml
- ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques
-
- dep: time
- programme GNU time pour mesurer l'utilisation des ressources CPU
-
- rec: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
Télécharger parsnp
| Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
|---|---|---|---|
| m68k (portage non officiel) | 191,5 ko | 1 930,0 ko | [liste des fichiers] |