Paquet : iqtree (2.0.7+dfsg-1 et autres)

logiciel phylogénétique de maximum de vraisemblance

IQ-TREE est logiciel phylogénétique de maximum de vraisemblance très efficace avec, entre autres, les fonctions clés suivantes :

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  – un nouvel algorithme stochastique rapide et efficace pour estimer les
    arbres de maximum de vraisemblance. IQ-TREE surpasse RAxML et PhyML en
    termes de vraisemblance tout en requérant le même temps de calcul
    (consulter Nguyen et al., 2015) ;
  – une approximation par technique de bootstrap ultra-rapide pour estimer
    la prise en charge de branches (consulter Minh et al., 2013) ;
  – une grande diversité de modèles de substitution pour des alignements
    binaires, d’ADN, de protéines, de codons ou morphologiques ;
  – une sélection de modèle ultra-rapide pour tous les types de données,
    10 à 100 fois plus rapide que jModelTest et ProtTest ;
  – une découverte du meilleur schéma de partition comme PartitionFinder ;
  – des modèles de partition avec des types mélangés de données pour les
    alignements de phylogénomique (multi-gène), permettant des longueurs
    de branches distinctes, proportionnelles ou jointes entre les gènes ;
  – la prise en charge de la bibliothèque PLL (bibliothèque phylogénétique
    de vraisemblance) (consulter Flouri et al., 2014).

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