Paquet : cufflinks (2.2.1+dfsg.1-9 et autres) [non-free]

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Paquets similaires :

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

This package provides the binary of cufflinks and associated tools, i.e. compress_gtf, cuffcompare, cuffdiff, cuffmerge, cuffnorm, cuffquant and gtf_to_sam.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Rôle: Programme, Fonctionne avec: Séquence biologique

Autres paquets associés à cufflinks

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0)

bibliothèque de sérialisation pour C++
dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0)

multitâche portable pour C++
dep: libc6 (>= 2.34)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 7)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Bibliothèque de compression - binaires

rec: gffread

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

enh: tophat

Paquet indisponible

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
i386	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1 538,5 ko	10 692,0 ko	[liste des fichiers]