Paquet : gromacs (2024.3-1 et autres)

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Paquets similaires :

Simulateur de dynamique moléculaire avec outils d'analyse et de préparation

GROMACS est un paquet polyvalent pour faire de la dynamique moléculaire, comme la simulation d'équations newtoniennes du mouvement de systèmes de millions de particules.

Il a été créé en premier lieu pour les molécules biochimiques comme les protéines et les lipides qui ont beaucoup d'interactions covalentes compliquées, mais comme GROMACS est extrêmement rapide pour calculer les interactions non covalentes (qui souvent dominent les simulations), beaucoup de groupes l'utilisent aussi pour la recherche sur des systèmes non biologiques, comme les polymères.

Ce paquet fournit des variantes pour l’exécution sur une seule machine et pour utiliser l’interface MPI sur plusieurs machines.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Biologie structurale, field::chemistry, implemented-in::c, Interface utilisateur: Ligne de commande, interface::graphical, interface::x11, Rôle: Programme, Boîte à outils d'interface utilisateur: Bibliothèque X, Système X Window: Application

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dep: gromacs-data (= 2023.1-2) [ia64]

dep: gromacs-data (= 2024.2-1) [riscv64]

dep: gromacs-data (= 2024.3-1) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64]
dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

dep: libc6 (>= 2.7) [hppa, m68k]
dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non hppa, ia64, m68k, sh4]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [sparc64]

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libgromacs5 (>= 2020.5) [alpha]

GROMACS molecular dynamics sim, shared libraries
dep: libgromacs6 (>= 2021.4) [hppa, m68k, sh4, x32]

GROMACS molecular dynamics sim, shared libraries
dep: libgromacs8 (>= 2023.1) [ia64]

GROMACS molecular dynamics sim, shared libraries
dep: libgromacs9 (>= 2024.2) [riscv64]

GROMACS molecular dynamics sim, shared libraries

dep: libgromacs9 (>= 2024.3) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64]
dep: libopenmpi3 (>= 4.1.5) [ia64]

high performance message passing library -- shared library
dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [non alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

high performance message passing library -- shared library
dep: libstdc++6 (>= 11) [non alpha]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

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rec: cpp

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rec: mpi-default-bin [non alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

Standard MPI runtime programs (metapackage)

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système de graphismes moléculaires

Télécharger gromacs

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2020.5-4	146,5 ko	561,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2024.3-1	59,8 ko	460,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2024.3-1	59,9 ko	588,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2021.4-2	148,0 ko	512,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2023.1-2	65,7 ko	552,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	2021.4-2	134,9 ko	554,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2024.3-1	60,3 ko	600,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2024.3-1	62,5 ko	588,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2024.3-1	61,5 ko	588,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2024.2-1	64,9 ko	416,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2024.3-1	57,2 ko	412,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	2021.4-2	158,4 ko	484,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	2024.3-1	58,3 ko	4 180,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2021.4-2	140,4 ko	514,0 ko	[liste des fichiers]