Paquet : bppsuite (2.4.1-7 et autres)

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Ressources externes :

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Paquets similaires :

suite de programmes Bio++

La suite de programmes Bio++ est un ensemble de programmes utilisant les bibliothèques Bio++ et dédiés à la phylogénétique et à l’évolution moléculaire. Tous les programmes sont indépendants mais peuvent être combinés pour réaliser des analyses complexes. Ces programmes utilisent les outils d’aide d’interface des bibliothèques et partagent donc la même syntaxe. Ils ont aussi plusieurs options communes, qui pourraient être partagées par des logiciels tiers.

Les programmes suivants sont inclus :

 – BppML pour une analyse de maximum de vraisemblance ;
 – BppSeqGen pour la simulation de séquences ;
 – BppAncestor pour la reconstruction d'états ancestraux ;
 – BppDist pour les méthodes de distance ;
 – BppPars pour l’analyse de parcimonie ;
 – BppSeqMan pour la conversion de fichiers et la manipulation de
   séquences ;
 – BppConsense pour construire des arbres de consensus et calculer des
   valeurs de démarrage (« bootstrap ») ;
 – BppReRoot pour le changement de racines d'arbre ;
 – BppTreeDraw pour le dessin d'arbres ;
 – BppAlnScore pour la comparaison d'alignements et le calcul de scores
   d'alignements ;
 – BppMixedLikelihood pour calculer les vraisemblances site par site des
   composants de modèles de mélange ;
 – BppPopGen pour les analyses génétiques de population.

Autres paquets associés à bppsuite

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libbpp-core4t64 (>= 2.4.1)

bibliothèque principale de Bio++
dep: libbpp-phyl12t64 (>= 2.4.1)

bibliothèque de phylogénétique de Bio++
dep: libbpp-popgen8t64 (>= 2.4.1)

bibliothèque de génétique des populations de Bio++
dep: libbpp-seq12t64 (>= 2.4.1)

bibliothèque de séquences pour Bio++
dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, loong64, sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non alpha]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 14-20240221-2.1) [alpha]
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

sug: bppsuite-examples

exemples pour la suite de programmes Bio++

Télécharger bppsuite

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.4.1-7	372,9 ko	2 439,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.4.1-7	379,9 ko	2 002,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.4.1-7+b1	355,6 ko	2 423,0 ko	[liste des fichiers]
armel	2.4.1-7	321,6 ko	1 606,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	2.4.1-7	328,6 ko	1 326,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.4.1-7	391,4 ko	2 024,0 ko	[liste des fichiers]
i386	2.4.1-7	386,4 ko	1 830,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.4.1-7	386,9 ko	2 965,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	2.4.1-7	361,3 ko	2 049,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	2.4.1-7	367,7 ko	1 794,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.4.1-7	346,9 ko	2 606,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.4.1-7	380,2 ko	2 806,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.4.1-7	376,2 ko	2 614,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.4.1-7	363,1 ko	1 670,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.4.1-7	359,2 ko	1 994,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	2.4.1-7	402,9 ko	2 166,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	2.4.1-7	332,2 ko	12 453,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2.4.1-7	377,5 ko	1 742,0 ko	[liste des fichiers]