Paquet : mummer (3.23+dfsg-8)

Alignement de séquence efficace de génomes complets

MUMmer a été conçu pour aligner rapidement des génomes entiers, bruts ou finis. Par exemple, MUMmer 3.0 peut trouver toutes les régions identiques sur plus de 20 paires de bases entre deux génomes de 5 mégabases en 13,7 secondes, sur un ordinateur tournant à 2.4 GHz en utilisant 78 Mo de mémoire. MUMmer peut aussi aligner des génomes incomplets ; il manipule les centaines ou les milliers de contigs d'un projet de séquençage « shotgun » avec aisance, et les alignera sur un autre génome ou une autre collection de contigs en utilisant le programme NUCmer, inclus dans le système. Si les génomes proviennent d'espèces trop différentes pour que des similarités soient détectées au niveau nucléotidique, le programme PROmer générera des alignements basés sur la traduction des six phases de lectures de chaque génome.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::comparing, works-with-format::TODO, Format pris en charge: Texte simple, Fonctionne avec: Étiquette supplémentaire nécessaire

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