Paquet : pizzly (0.37.3+ds-9)

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Paquets similaires :

identification de fusions de gènes dans des données de séquençage d’ARN

For the interpretation of the transcriptome (the abundance and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly interested in transcripts that cannot be mapped to single genes but that are seen to be fused as parts from two genes. Likely eplanations are chromosomal translocations.

Pizzly can identify novel such peculiarities, building on interpretations on variable splicing by the tool kallisto. Both tools are elements of the bcbio workflow.

Autres paquets associés à pizzly

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: kallisto

quantification RNA-seq presque optimale
dep: libc6 (>= 2.34)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc++6 (>= 12)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

rec: python3-h5py

general-purpose Python interface to hdf5

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
arm64	248,9 ko	864,0 ko	[liste des fichiers]