Paquet : nanopolish (0.14.0-1 et autres)

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Paquets similaires :

identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Autres paquets associés à nanopolish

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgomp1 (>= 6)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libhdf5-103-1t64

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1)

library for reading & writing SLOW5 files
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1)

fast integer compression in C using the StreamVByte codec
dep: perl

langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

rec: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
rec: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

sug: make

utilitaire pour mener la compilation
sug: perl

langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
arm64	0.14.0-1+b1	2 073,9 ko	9 219,0 ko	[liste des fichiers]