Paquet : infernal (1.1.5-2)

inférence d’alignements structurels secondaires d’ARN

Infernal ("INFERence of RNA ALignment") recherche dans des bases de données de séquences d’ADN des similarités de structures ou séquences d’ARN. Il fournit une implémentation d’une variante spéciale de grammaires de profil stochastiques indépendantes du contexte appelées modèles de covariance. Un modèle est comme un profil de séquence, mais il marque une combinaison de séquence consensus et de structure consensus secondaire d’ARN, aussi dans bien des cas, il est plus capable d’identifier des homologues d’ARN qui conservent leur structure secondaire plus que leur séquence primaire.

Cet outil est un composant essentiel de la base de données Rfam.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, But: Analyse

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